玉山社的部份目前計有7個書系-------

一、本土新書 :

　　本土新書系列，從台灣的文學、 歷史、政經觀點出發，提供讀者多元化的閱讀焦點。此書系具代表性的有《台灣在國際法上的地位》《阿媽的故事》《台灣五大家族》《解讀二二八》《台灣女生留學手記》《天燈母親》《60分鐘快讀台灣史》

……等。

二、影像•台灣 :

　　影像台灣系列以圖文並茂的方式，記錄台灣最珍貴的面貌。系列中有以歷史事件的記錄為呈現重點，配以大量的圖片與文字解說，還原台灣歷史真面貌的《霧社事件》《風中緋櫻》《霧重雲深》……等。

　　有以古早台灣生活呈現為主的《懷念老台灣》《台灣古老火車站》《台灣古早生活圖繪》《台灣日治時代遺跡》……等。

　　以及記錄台灣自然面貌的《台灣舊路踏查記》《台灣百年前的足跡》《童話植物─台灣植物的四季》《福爾摩沙稻草人》……等。

其他具代表性的還有《台灣史100件大事》《山、雲與蕃人─台灣高山紀行》《人權之路─台灣民主人權回顧》……等。

三、綠色種子 :

　　本系列包含深入的生態知識，以及接近大自然的方法，內容涵蓋植物、昆蟲、鳥類……等各個面向。內容深入淺出，提供喜愛親近自然、了解自然的讀者進一步認識生態與物種的方法。

　　此系列頗受好評的有《望遠鏡裡的精靈─台灣常見鳥類的故事》《綠色童年─親子戶外旅行》《手塚治虫的昆蟲世界─ 一個昆蟲少年的採集手記》《動物戀愛學》《少年綠皮書》《黑道昆蟲記》等。

四、典藏•台灣 :

　　以具有份量的台灣研究，以及值得典藏保存的議題為目標，目前已編印出版的有《近代台灣海運發展──從戎克船到長榮巨舶》。

五、漫畫台灣歷史 :

　　以台灣人民為主體的歷史漫畫，由資深卡通漫畫家杜福安精心創作，並由中央研究院院士曹永和擔任編輯總顧問，並聘請專業領域的專家學者負責審定與導讀。內容翔實，故事生動活潑，不論大人或小孩，都可以從精彩的故事中瞭解台灣歷史。

　　本系列預計推出10冊，目前已經推出《島嶼的誕生》《美麗大地的子民》《荷蘭、西班牙再台灣》。

六、玉山叢書 :

　　玉山叢書希望以正面樂觀、溫暖健康的態度，呈現生活在台灣這塊土地，各行各業人物的身影與生活經驗。

　　書系首本書籍為《我賺了30年─李豐醫師的生命故事》。記錄李豐醫師在事業即將起步的時候罹患了癌症，之後便在歷經種種挫折中，體認出與癌和平共處的法則。《健康靠自己》則是李豐醫師的另一著作，作者藉由專業及親身體驗，強調只有從觀察古人的生活型態，以做為自我反省的基礎，使體質重新調整及改變，才能享受文明，又不生病。

七、全球智識 :

　　全球智識以一系列洞見世界知識的書籍，回顧人類數千百年的過往，藉以深化台灣主體自覺與時代認識，並分享世界文化寶藏。因為我們深信，理解台灣自然必須觀照世界；探索世界，更有助於究明台灣。

　 書系中的《莫斯科不相信眼淚》《總理住在游泳池》《最新世界地圖讀法》……等在出版之後，都很受到歡迎及好評。